蛋白組學(xué)分析揭示了蛋白質(zhì)調(diào)控的共同模式，PCR-Clean助力分子生物學(xué)研究

分子生物學(xué)是許多基因組學(xué)研究的基礎(chǔ)。核酸是分子生物學(xué)的核心研究對(duì)象之一。在核酸相關(guān)的實(shí)驗(yàn)中，需要盡可能減少DNA污染。德國(guó)MB公司的PCR-Clean，高效清除核酸污染。

基于系統(tǒng)基因組學(xué)的腫瘤研究改變了我們對(duì)腫瘤生物學(xué)的理解，并顯著影響了患者的護(hù)理然而，許多癌癥仍然缺乏有效的治療方法或仍然缺乏特征，強(qiáng)調(diào)其復(fù)雜的生物學(xué)及其分子和表型異質(zhì)性樣品處理和液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)的最新進(jìn)展使大規(guī)模定量蛋白質(zhì)水平和翻譯后修飾(PTMs)成為可能。

臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)的共同努力已經(jīng)產(chǎn)生了單個(gè)癌癥類型的大型蛋白質(zhì)基因組數(shù)據(jù)集。這些研究都包括PTMs，并開始彌合分子特征和表型后果之間的差距，發(fā)現(xiàn)具有潛在治療脆弱性的新癌癥亞型盡管取得了這些進(jìn)展，并且PTMs在細(xì)胞信號(hào)的調(diào)節(jié)和微調(diào)中發(fā)揮了關(guān)鍵作用，但它們的共享模式、PTMs之間的串?dāng)_(例如，磷酸化、乙酰化等)以及多個(gè)PTMs如何形成調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)仍然知之甚少，特別是在癌癥類型中。

先前的泛癌癥基因組研究表明，研究不同癌癥類型的復(fù)發(fā)性基因和通路改變可以促進(jìn)我們對(duì)驅(qū)動(dòng)癌癥的基本分子事件的理解。

研究人員著手確定不同癌癥類型的共享和不同的PTM模式，以研究在多種癌癥中改變的常見翻譯后調(diào)節(jié)機(jī)制，以擴(kuò)展和補(bǔ)充基因組研究。為此，科研人員使用來(lái)自11項(xiàng)研究的數(shù)據(jù)生成了一個(gè)統(tǒng)一的泛癌癥隊(duì)列，包括來(lái)自1,110名未接受治療的患者的樣本，具有完整的基因組，轉(zhuǎn)錄組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)和PTM(磷酸化和乙酰化)數(shù)據(jù)。這使得科學(xué)家們能夠搜索由于個(gè)體研究樣本量有限(39-140例患者)而無(wú)法在單個(gè)隊(duì)列中識(shí)別的模式。

為了關(guān)注癌癥的共享和組織獨(dú)立模式，作為協(xié)調(diào)過(guò)程的一部分，研究人員回歸了每種數(shù)據(jù)類型中的組織特異性效應(yīng)(STAR方法)。

研究分析重點(diǎn)是:

(1)已知在癌癥中失調(diào)的標(biāo)志通路，這些通路受到PTMs的嚴(yán)格控制，包括DNA損傷和修復(fù)通路、細(xì)胞免疫代謝和組蛋白水平的基因表達(dá)調(diào)節(jié);

(2)不同類型ptm之間的電位串?dāng)_。ptm具有一系列潛在的調(diào)節(jié)作用——從快速、持續(xù)到長(zhǎng)期。在免疫和代謝反應(yīng)中，PTMs的短暫性和可逆性使得適應(yīng)微環(huán)境變化所需的快速反應(yīng)成為可能。

另一方面，PTM對(duì)組蛋白修飾的影響可以影響細(xì)胞程序的長(zhǎng)期調(diào)節(jié);事實(shí)上，在癌癥中，異常的組蛋白乙酰化可以使腫瘤抑制因子失活或激活癌基因。在DNA修復(fù)過(guò)程中，磷酸化在調(diào)節(jié)DNA修復(fù)蛋白的活性中起著關(guān)鍵作用，以ptm為重點(diǎn)的分析可能更好地表征DNA修復(fù)的圖景，特別是在DNA修復(fù)缺陷的癌癥中。最后，絲氨酸/蘇氨酸磷酸化和賴氨酸乙酰化是真核生物中廣泛和最保守的PTMs。盡管迄今為止大多數(shù)研究都集中在單一PTM類型如何調(diào)節(jié)細(xì)胞過(guò)程上，但對(duì)蛋白質(zhì)含有多種PTM類型的認(rèn)識(shí)表明，它們可能共同作用，共同表現(xiàn)出復(fù)雜的調(diào)節(jié)作用，其中許多仍未被探索。

總的來(lái)說(shuō)，這是一個(gè)詳細(xì)描述乙酰化和磷酸化的廣泛調(diào)控及其在癌癥類型中的共享模式的泛癌癥研究。研究結(jié)果為探索和產(chǎn)生關(guān)于ptm控制的癌癥過(guò)程的假設(shè)提供了豐富的資源，這些假設(shè)在進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證后，可能會(huì)確定新的藥物靶點(diǎn)或提出影響癌癥生物學(xué)的新方法。